El Museu de Montserrat el configuren diverses col·leccions, ubicades en un mateix edifici des de l'any 1996. A les col·leccions permanents s’hi afegeixen les exposicions temporals que es poden veure a les dues sales destinades a aquest fi: la Sala Daura i l’Espai d'Art Pere Pruna.
L’espai que ocupa el museu és interessant per ell mateix; fou projectat per Josep Puig i Cadafalch el 1929 dins el projecte general de reforma de les places del monestir. Des de l’estiu de 2004, el Museu de Montserrat disposa d’una nova entrada, sense barreres arquitectòniques.
Actualment, el museu té un servei de visites comentades per a grups i escoles, i també audioguies.
El Museu de Montserrat està format per sis col·leccions ben diferents. Els objectes exposats, més de 1.300 peces, abracen un període cronològic molt ampli. La peça més antiga és un sarcòfag egipci del segle XXII a. de C., i la més recent, una pintura de Sean Scully, La muntanya d'Oisin (2010) donada pel propi artista.
Trobem aquest sarcòfag a la col·lecció Arqueologia de l’Orient Bíblic, al costat d’altres objectes representatius de les cultures de Mesopotàmia, Egipte, Grècia, Terra Santa i Xipre.
L'obra d'Scully està situada a la col·lecció de Pintura dels segles XIX i XX, una de les millors col·leccions de pintura catalana, amb noms tant rellevants com Fortuny, Rusiñol, Casas, Nonell, Mir, Gimeno, Anglada Camarasa, Picasso, Dalí, entre d'altres. També hi trobem una representació de l’impressionisme francès, amb obres de Monet, Sisley, Degas, Pissarro i altres, i una mostra d’obra gràfica de pintors de fama reconeguda que pertanyen a l’estètica contemporània: Chagall, Braque, Le Corbusier, Rouault, Miró, Dalí, Picasso, Clavé, Tàpies i altres autors.
Des de l’any 2006, el MDM compta, amb una nova secció: una col·lecció de 160 icones bizantines i eslaves, sota el títol Phos Hilaron (llum joiosa), que es presenten en l’ambient d’una església oriental, on la llum hi juga un paper determinant.
La resta de col·leccions són: Iconografia de Santa Maria de Montserrat, on es pot resseguir l’evolució que s’ha produït en la representació de la Mare de Déu a través dels temps; Orfebreria, amb un conjunt d’objectes litúrgics del segles XV al XX; i Pintura del segle XIII al XVIII, amb obres de Berruguete, el Greco, Caravaggio, Luca Giordano, Tiepolo, entre d'altres.
